Le prime notizie della chiesa risalgono al 1002, quando viene definita come Ecclesia Sancti Benedicti extra muros civitatis Florentiae; in effetti, a quell'epoca la chiesa si trovava al di fuori della cinta muraria carolingia.

Fu una delle 36 antiche parrocchie fiorentine, era dotata di beni economici fuori Firenze ed alcuni suoi Rettori si trovano citati in vari documenti fin dal 1127. Spesso nei documenti è indicata vicino alla Cattedrale di Santa Reparata e alla vicinissima Chiesa di San Pietro in Coelorum, detta dal popolo più frequentemente San Pietro in Celidoro, e quindi la troviamo ricordata anche come Santa Reparata.