Esempio tipico è la vicenda della prima facciata che rimase fino ai 1587, allorché, su consiglio dell'architetto Bernardo Buontalenti, il Granduca, nell'ambito di un programma di rinnovamento urbanistico della città, la fece smantellare per sostituirvi un progetto più moderno, che troverà la sua versione definitiva solo nel 1871.

Ciò rese impossibile la ricollocazione delle sculture originali, che sono perciò ancora conservate nel Museo. Nell'attuale allestimento incontriamo dunque al piano terreno, gli originali delle statue di Arnolfo di Cambio per la prima parziale facciata della Cattedrale, le formelle originali restaurate del Ghiberti per la porta del Battistero, la sala con i dipinti a fondo oro e la Cappella delle reliquie, tra cui il celebre Reliquiario del Libretto.
Salendo lo scalone incontriamo il gioiello del Museo: la seconda delle tre Pietà di Michelangelo.