Santa Reparata fu tra i più grandi complessi paleocristiani della Tuscia, importanza ancora più accentuata se tenuta presente la sua posizione di fronte al Battistero, avanzata però di otto metri più dell'attuale Cattedrale.
Aperta, luminosa, simile a S. Apollinare Nuovo a Ravenna, con arcate eleganti e colonne marmoree: ecco come doveva essere la prima Santa Reparata.
La pianta era a tre navate, con colonnati che delimitavano quella centrale e un recinto di transenne che separava il coro absidato e l'area di culto dalla zona pubblica della chiesa, con un'estensione nel corridoio centrale per la distribuzione della comunione. L'origine della sua costruzione sembra probabilmente risalire ad un voto, fatto per ringraziare della vittoria cristiana nel 405 circa, su Radagasio, re dei Goti.

Ricostruita successivamente in epoca carolingia, a causa dei danni subiti con la guerra gotico-bizantina, Santa Reparata mantenne l'impostazione precedente con l'aggiunta di due cappelle laterali nella zona absidale, una piccola cripta e un nuovo pavimento e possiamo immaginarla simile alla coeva chiesa abbaziale di Pomposa a Ferrara.